Começou a praticar Aikido em 1937 e em 1942, enquanto ainda estudava na Universidade de Waseda, o Fundador do Aikido e seu pai, Morihei Ueshiba (que estava se aposentando em Iwama), o nomeou chefe do Kobukan Dojo em Shinjuku, Tóquio. Ele salvou o dojo de bombardeios e incêndios várias vezes, durante a Segunda Guerra Mundial. Formou-se em Economia na Faculdade de Economia e Ciência Política da Universidade Waseda, em 1946.

Após a Segunda Guerra Mundial, sem poder receber alunos devido às restrições impostas às artes marciais no pós-guerra, estava realmente em Iwama. A partir de 1949, trabalhou durante cerca de sete anos em uma empresa chamada Osaka Shoji.

A partir de 1948, Ueshiba supervisionou o desenvolvimento da organização Aikikai Hombu (e, eventualmente, a demolição do Kobukan Dojo em 1967 para construir a sede da Aikikai). Em 1952, tornou-se membro fundador e nomeado chefe da Divisão de Aikido do Kokusai Budoin (Federação Internacional de Artes Marciais) pelo príncipe Kaya Tsunenori para ajudar a espalhar o Aikido em todo o mundo. 

Em 14 de março de 1967 inicia-se a construção do prédio onde atualmente se encontra o Aikikai Hombu Dojo e em 25 de dezembro do mesmo ano, o novo dojo, um prédio moderno, com três andares, feito de concreto, foi concluído. Em 1969, Kisshomaru Ueshiba assumiu o título de Doshu (Grão Mestre, literalmente, Dono do Caminho) com a morte do Fundador.

Após a morte de Morihei Ueshiba, em 1969, Kisshomaru Ueshiba assumiu o manto de Doshu do Aikido (literalmente, Dono do Caminho).  Em 1978 visitou o Brasil, Uruguai e Argentina, a convite do mestre Reishin Kawai. Em 1986, em reconhecimento às suas contribuições para o bem público através do desenvolvimento e crescimento do Aikido, Kisshomaru Ueshiba recebeu a Medalha de Honra com Fita Azul do governo japonês. Em 1990, em reconhecimento a seus distintos serviços e contribuições ao intercâmbio cultural entre a França e o Japão, recebeu um prêmio de mérito esportivo pelo governo francês. Foi a primeira vez que um cidadão japones recebeu essa medalha. No mesmo ano ele voltou ao Brasil, novamente a convite do pai do Aikido brasileiro, o Shihan Reishin Kawai.

Em 1995, Doshu Kishomaru Ueshiba recebeu a Terceira Ordem do Prêmio do Tesouro Sagrado do governo japonês. 

Kishomaru Doshu sensei foi o grande reponsável pela difusão mundial do Aikido, trabalhando incansavelmente por sua organização e desenvolvimento.
Kishomaru Ueshiba, Doshu do Aikido, morreu por volta das 17h30 em 4 de janeiro de 1999, em um hospital de Tóquio. Como seu pai foi o primeiro Doshu, ele foi o segundo Doshu e, após sua morte, seu filho Moriteru Ueshiba se tornou o terceiro Doshu, seguindo o tradicional sistema japonês "Iemoto", de transmissão hereditária.